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用PCR-SSCP方法检测中国人Alport综合征COL4A5基因突变

  来源:120online      日期:2007-05-09
*表示患者90缺失的碱基图4 患者90COL4A5基因第26外显子PCR扩增产物直接测序结果...

  2.根据已报道的COL4A5基因序列[10],选取与外显子相邻的内含子序列设计引物(表1),迄今所扩增的序列为COL4A5基因的第20~51外显子(自5′端记数),引物由Genosys Biotechnologies,Inc.及Cybersyn公司合成。

  3.PCR反应:在50 μl反应体积中,加入0.4~0.8 μg基因组DNA为模板,引物为1 μmol/L,dNTPs各为400 μmol/L,Taq酶(Promega公司)1~2.5 U。前5个循环为94℃变性1分钟,退火温度分别为68℃、66℃、64℃、62℃、60℃,时间30秒,延伸温度72℃、45秒。随后30个循环为:94℃、1分钟,退火温度见表1,时间30秒,延伸72℃,45秒(PCR热循环仪,Perkin-Elmer公司)。PCR完成后作1.6%~2%琼脂糖凝胶电泳鉴定产物。

  4.单链构象多态性(SSCP)分析:以含5%~10%甘油的10%聚丙烯酰胺凝胶制备20 cm×20 cm×0.1 cm胶板。取3 μl PCR产物,与甲酰胺上样液7 μl混合,96℃或100℃变性5~10分钟,迅速置入冰浴后上样,于4℃,120~160 V恒压电泳12~16小时。电泳完成后作硝酸银染色。

  5.PCR产物直接测序:对SSCP分析出现单链DNA迁移率异常者,将PCR产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳纯化后进行直接测序(北京医科大学肿瘤防治研究所及Cybersyn公司)。

  结果

  一、琼脂糖凝胶电泳结果

  患者及正常对照的各外显子PCR反应产物均为单一区带,其大小与已知序列相一致。各PCR产物长度见表1。

  二、SSCP及DNA测序结果

  1.患者8第20外显子PCR产物的单链DNA迁移率与对照及其他患者有差异,测序证明为COL4A5基因的第1517C及1518C碱基缺失,导致移码突变,并使终止密码子TAG于1542位提前出现,α 5链长度由正常的1 685个氨基酸残基截短为439个氨基酸残基(图1)。



*表示患者8缺失的碱基图1 患者8COL4A5基因第20外显子PCR产物直接测序结果

  将患者8及其父母的第20、39及46外显子的PCR产物同时作SSCP分析,其父仅有正常迁移带,其母兼有正常及异常迁移带(图2)。

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