分支杆菌在生物学上已有公认的分类地位。其中，伯吉细菌分类鉴定系统是最具权威的且一直在沿用着，对包括分支杆菌在内的细菌分类、鉴定仍将发挥着巨大的作用。但这类传统的分类、鉴定系统主要以形态和生理生化特征的综合指标为依据，存在着很大的异质性，也不能揭露生物间的进化关系，是不太可靠的，而且须综合指标，操作繁杂，鉴定一种菌种费时约4周，有其局限性。因此，长期以来，人们不断探索新的分类鉴定方法，这对于生长缓慢、菌种种类繁多且与人类健康戚戚相关的分支杆菌来说显得尤为重要。近几年来，分子分类鉴定方法进展较快，现做概要的介绍。
一、分子分类鉴定的主要靶基因序列
选作分支杆菌分类鉴定的靶基因序列有hsp65、danj、16 s RNA、16 s～23 s rDNA间隔区序列等。
表1 16 s～23 s rDNA间隔区序列聚合酶链反应（PCR）及限制性片段长度多态性分析（RFLP）
16 s rDNA：16 s rDNA 相对分子质量适中，广泛应用于属和种水平种系发育分析、鉴定。16 s rDNA分子中有些部位的序列在进化过程中变化非常缓慢，种间没有太大变化，即有高度保守性，可用这些序列来确定古代的进化关系，作为菌属的划分指标；还有一些部位，序列变化较大，可以用来研究亲缘关系比较接近的种属间的关系，鉴定部分菌种［1,2］。16 s rDNA 已应用于分支杆菌属的划分和菌种鉴定。
hsp65: hsp65基因保守性强，存在于所有分支杆菌以及一些放线菌、白色链霉菌、大肠杆菌中。hsp65序列长度约1 380 bp，PCR扩增产物用限制性内切酶BSTEⅡ和HaeⅢ消化，34种分支杆菌108株临床分离株呈现49种不同图谱。同时，在分支杆菌中含有种特异性等位基因的变异和DNA序列的变异，用于准确、快速鉴定分支杆菌。
二、分子分类鉴定的方法
由于分子生物学技术的引入，使得分支杆菌的分类鉴定发生一些变化，从以表型特征为主逐步向分子分类鉴定拓展。
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