但是，关于文中卫气循行的次序及其和天体星宿的运动（其实质即是时间）关系的理论却一直受到后世医家的质疑和非议，这不仅仅是因为这种联系的基础不明确，更重要的是似乎经文中自己就有许多自相矛盾的地方。《灵枢·卫气行》后一节经文云：“黄帝曰：卫气之在于身也，上下往来不以期，候气而刺之奈何？伯高曰：分有多少，日有长短，春秋冬夏，各有分理，然后常以平旦为纪，以夜尽为始。是故一日一夜，水下百刻，二十五刻者，半日之度也……终而复始，一日一夜，水下百刻而尽矣。”对这段经文，河北医学院主编的《灵枢经校释》提出疑问：一日一夜合二十八舍，也就是水下百刻的时间，若以“人气行三阳及与阴分”四刻行一周，则每日夜只能行二十五周，这和前文“五十周”的说法相比，正好少了一半；况且，前一节经文言卫气行于阳和行于阴各二十五周，这节经文却是说卫气行阳时间占总时间的3/4，而行阴时间只占总时间的1/4。因此认为“此段文字大有疑义，读者宜详之”，并引楼英注曰：“大与上节矛盾，盖衍文也。”这代表了目前中医界的主流认识，以至于使《灵枢·卫气行》篇遭到了不公正的冷落，现在的中医知道它的已经很少了。
其实，这个误解的产生主要是对经文的文字没有进行仔细的分析和鉴别的缘故。只要仔细地研读《灵枢·卫气行》经文，就会发现其中隐含的一些约定。如叙述卫气“昼行于阳”时曰：“日行一舍，人气行一周与十分身之八；日行二舍，人气行三周于身与十分身之六；日行三舍，人气行于身五周与十分身之四”，专门选择了“日”和“身”等字眼；叙述卫气“夜行于阴”时则曰：“夜行一舍，人气行于阴藏一周与十分藏之八”，专门选择了“夜”和“藏”这些字眼，而不再用“日”和“身”，并且隐含了两者对比的意义。这一节经文最后一句曰：“阴阳一日一夜，合于奇分十分身之二，与十分藏之二，是故人之所以卧起之时有早晏者，奇分不尽故也。”更进一步提示了“身”与“藏”意义的显著区别。通过不断的重复，经文逐渐赋予了“日”、“夜”和“身”、“藏”这些字眼以特殊的意义，以后再言“身”时，即使不着重指明，就已经暗含指的是体表（阳）了，这就是解开经文矛盾的关键。
值得注意的是，《内经》论述卫气的出入循行规律主要是用来解释睡眠的机理，和后世所谓的气机出入有所不同，但两者又是有着深刻的内在联系的。另外，升降和出入是卫气运行的相对统一的两个侧面，不可把它们截然对立，正如周学海《读医随笔》所说：“分言之，为出入，为升降；合言之，总不外乎一气而已矣”。
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