中医学中辨证论治的原则，主要表现在六经辨证和脏腑辨证两个方面。
中药学的辨证论治，一是根据中医的“证”选择合适方剂。二是在已选方剂基础上，根据病情和兼证的不同，方剂可以化裁加减。如麻黄汤即可派生出麻黄加术汤、麻杏苡仁汤、大青龙汤等方剂。三是注重药物剂量的变化对疾病治疗作用的影响。有些方剂尽管药味组成相同，但由于主药剂量各异，其治疗作用就不相同，桂枝汤和桂枝加桂汤就是一个很好的例证。也有些方剂，虽然药味组成相同，但因药物剂量不同，导致方剂的君、臣、佐、使的组合发生变化，出现不同的治疗效果，如小承气汤、厚朴大黄汤、厚朴三物汤三方的组成便是一例。四是根据病症的不同选用不同的药物炮制方法。生姜、干姜、炮姜的不同药物作用说明了中药炮制对治法的影响。
西医药学的来源、理论形成及其特点
一、西医药学的来源
西医药和中医药，在文艺复兴前，是难于区分的，都可称作民间医药或民族医药，都属于经验医药学范畴。
二、西医药学的理论形成
文艺复兴以后，西方医学开始了由经验医学向实验医学的转变。1543年，维萨里发表《人体构造论》，建立了人体解剖学。这既表明一门古老的学科在新的水平上复活，又标志着医学新征途的开始。
17世纪实验、量度的应用，使生命科学开始步入新的轨道，其标志是哈维发现血液循环。随着实验的兴起，出现了许多科学仪器，显微镜就是其中之一，显微镜把人们带到一个新的认识水平。18世纪莫干尼把对疾病的认识由症状推到了器官，建立了病理解剖学，为研究疾病的生物学原因开辟了道路。
到了19世纪中叶，德国病理学家魏尔啸倡导细胞病理学，将疾病的原因解释为细胞形式和构造的改变。细胞病理学确认了疾病的微细物质基础，充实和发展了形态病理学，开辟了病理学的新阶段。19世纪下半叶巴斯德证明发酵及传染病都是微生物引起的，德国人科赫发现霍乱弧菌、结核杆菌及炭疽杆菌等，并改进了培养细菌的方法和细菌染色方法，大多数主要致病菌在此时期内先后发现。巴斯德还用减弱微生物毒力的方法首先进行疫苗的研究，从而创立经典免疫学，以后，在巴斯德研究所工作的俄国人梅契尼科夫系统阐述了吞噬现象及某些传染病的免疫现象。
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