2. 引物设计:
P1,5′CGACTTTGCCAGCCTGTACC3′
P2,5′AGTCCGTGTCCCCGTAGATG3′
(1)PCR实验体系:
反应体积100μl; 模板10μl ; P1 0.5μl(10pmol/L) ,P2 0.5μl(10pmol/L); 4×dNTP 4μl(4×200mmol/L); 10×缓冲液10μl, DMSD 5μl, DW 65μl, 循环参数为94℃60s; 60℃60s; 72℃60s;循环40次72℃延伸4min。
(2)扩增产物检测与酶切分型.
①第一步电泳鉴定: 取10μlPCR产物加4μl样品缓冲液,加入2%琼脂糖凝胶板,70V电泳(5-20min)加EB染色5min后,紫外灯下观察,可初步鉴定扩增产物大小。
②酶切分析:分别取20μlPCR产物于2个Eppendorf管中,加入50μl无水乙醇,-20℃沉淀DNA,再分别用20μlSmal和BamHI反应缓冲液溶解,加入SmaI或BamHI 50U于相应Eppendorf 管内,37℃作用1h。
③第二步电泳分型,取10μlPCR酶切物加4μl样品缓冲液,加到2%琼脂糖凝胶中,70V电泳,15-20min后, EB染色5min,与同步加入未酶切的PCR产物相对照。 紫外灯下观察, 结果如下:
PCR-EC法检测四种病毒结果
病毒型号
靶片段
SmaI
BamHI
HSV1
518bp
476bp+42bp
HSV2
518bp
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