在患有生殖器疱疹的病人中，男性
同性恋者可出现直肠Ⅱ型疱疹病毒肛门直肠感染，其发病仅次于淋球菌引起的男性肛门直
肠炎。临床表现为肛门直肠疼痛严重、
便秘、排脓和里急后重，肛门可有疱和溃疡。
第一次发生生殖器疱疹后，经过一定的治疗或未经治疗，患者会逐渐好转，疱疹消退。但此时并不能说明生殖器疱疹已经痊愈，几乎100％的患者会出现复发性生殖器疱疹。这是由于生殖器疱疹病毒潜伏于局部粘膜引起的，复发性生殖器疱疹多在原发疹后1～4月内复发。复发后一般均在原处，全身症状轻，病程较短，皮损约10天左右消退。
复发性生殖器疱疹在原发后1-4个月内发生。第一次Ⅱ型疱疹病毒感染后一年内将近60%患者复发，第一年可复发4-6次。以后次数减少。复发患者全身症状较原发轻，每次发作的病程也较短，通常皮损约10天消退。有学者发现Ⅰ型疱疹病毒感染后只有14%复发，大大低于Ⅱ型疱疹病毒感染的复发率。复发一般都在原处，但水疱数目、持续时间和自觉症状均比原发者轻、淋巴结不肿大、很少有全身症状。复发性生殖器疱疹多发生在外阴、阴道、宫颈及龟头等部位，尿道发病较少见。由于复发性生殖器疱疹反复发作又难以控制，有时疼痛较严重等原因，造成病人思想负担过重，而出现心理障碍害怕致癌、害怕传给性伴侣、回避与性伴侣的性生活、不愿与异性交往、导致性功能障碍，影响家庭和睦，甚至发生
抑郁症。
原发或复发生殖器疱疹可伴有排尿困难、急性尿潴留、
脑炎、子宫内膜炎、疱疹性瘭疽等严重的疾患。
孕妇生殖器疱疹病毒感染率比一般人高2～3倍，而且病情较严重，可发生胎儿异常、早产、流产或死胎。新生儿对生殖器疱疹病毒异常敏感，据统计孕妇生殖器疱疹病毒感染后新生儿通过产道时，可有40%～60%的机会被感染，出现高热、带状分布的疱疹、肝脾肿大、脑炎或败血症，60%受染新生儿因此而死亡，痊愈且无后遗症者仅为15%，这就提醒我们应注意对母婴的保护。有的丈夫患生殖器疱疹后，不但不告诉妻子，而且仍然和妻子发生性关系，甚至不管妻子是否怀孕，导致妻子和婴儿的严重感染，这是十分不对的。
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