目前，治疗内分泌浸润性突眼症尚无满意的方法，一般采用下列综合措施：
(1)局部治疗。一是加强保护性措施，注意眼睛休息，戴墨镜避免强光及各种外来刺激；眼睛如果闭合不全，睡前涂抗菌眼膏，并戴眼罩，以保护结膜、角膜；用单侧眼罩减轻复视，高枕卧位，控制食盐摄入，抗菌眼药水(膏)及可的松眼药水交替使用；1%甲基纤维素滴眼剂对减轻眼睛刺激症状效果较好。二是球后或结膜下注射甲基强的松龙或透明质酸酶等药物，对减轻部分病人球后组织水肿可能有一定的作用。
(2)全身治疗
①在治疗甲亢伴突眼时，配合适量的干甲状腺制剂，对减轻突眼有一定的作用。
②免疫抑制剂包括糖皮质激素、环磷酰胺、环胞霉素A等，对突眼症有疗效。糖皮质激素常与保钾利尿药如安体舒通等合用，可增加疗效，减轻副作用。
③球后或垂体放射治疗。前者应在大剂量糖皮质类固醇治疗无效或因不能使用皮质激素时考虑应用，能获得较好的疗效；后者副作用大，较少使用。
④血浆置换法：一般应继以类固醇激素治疗，血浆置换量每次2升，计3～4次。目前较为有效的方法为：血浆置换、类固醇激素和放疗三者并用。先用血浆置换将血浆中自身抗体迅速清除，再以类固醇激素抑制抗体生成，最后以放疗达到抑制眼窝内自身免疫反应的目的。
(3)手术治疗。突眼严重，在睡眠时仍不能闭合以致眼球外露者，可行旁侧睑缝合术，以利眼的闭合。突眼极严重，有角膜暴露及溃疡形成、危及视力者，可行眼眶减压术，有侧壁减压术、眶上减压术及眶下减压术等，如手术成功效果很好，通常术后立即减轻突眼4～7 毫米，而且2个月后还可缩回1～2毫米，视力迅速改善。但有的手术风险大，有出血、局部甚至颅内感染的可能。
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